Frézka FM-16 CNC vychází z konvenční frézky FM-16. Pro CNC řízení však bylo provedeno značné množství úprav. Při přestavbě je frézka mechanicky seříezna tak, aby její geometrická přesnost odpovídala přesnosti polohování a tuhosti.
Vřeteno je poháněno ozubeným řemenem. Tím sice frézka přišla o mechanické řazení otáček, ale došlo ke zvýšení max. otáček z 2500 ot./min. na 3800 ot./min. a snížení hlučnosti. Motor vřetene je u frézky FM-16 CNC uložen v pryžových silentblocích, díky čemuž došlo k dalšímu snížení hlučnosti.
Osy X a Y jsou osazeny krokovými motory o statickém momentu 2,2N.m. Hnací moment je přenášen přes bezvůlové spojky na kuličkové šrouby. Kuličkové šrouby jsou uloženy v axiálních valivých ložiskách. Matice kuličkových šroubů jsou použity s vymezenou vůlí, nebo je možno použít předepnuté matice. Křížový stůl je vybaven optickými koncovými spínači na straně jedné, v druhé krajní poloze jsou osazeny mechanické mikrospínače.
Taktéž osa Z je osazena krokovým motorem 2,2N.m a bezvůlovou spojkou. Pohon je však dále veden na šnekovou převodovku (jejíž hřídele jsou, na rozdíl od běžného provedení, uloženy valivě), a od šnekového kola je poháněn pastorek ozubeného hřebene. Hřídel s pastorkem ozubeného hřebene je uložen ve dvojici kuličkových ložisek. Pro snížení tření jsou na sloupu vřeteníku přidány kladky, takže vřeteník je uložen částečně valivě. Hmotnost vřeteníku je vyvažována dvěma plynovými vzpěrami, čímž zároveň dochází k vymezení všech vůlí v této ose.
Velikost mechanického kroku v osách X, Y je 0,025mm, v ose Z pak 0,0075mm, což je přiměřené tuhosti stroje. U frézky zůstaly zachovány všechny ruční ovládací prvky, proto je možno ji v případě nouze použít jako konvenční stroj s manuálním ovládáním.
Frézka FM-16 CNC je v základním provedení dodávána bez budičů krokových motorů a další elektroniky. Toto nezbytné vybavní je možno dokoupit zvlášť.